Մանկավարժական համալսարանի գիտահետազոտական կենտրոնը հիմնադրվել է 2007 թվականի փետրվար ամսին: 2008 թվականից այն ներառված է ՀՀ պետական բյուջեից ֆինանսավորվող Գիտական և գիտատեխնիկական գործունեության ենթակառուցվածքի պահպանում և զարգացում ծրագրի ցանկում:
Տարբեր տարիներին Գիտահետազոտական կենտրոնը ղեկավարել են պատմական գիտությունների դոկտոր, պրոֆեսոր Արամ Վաղարշակի Քոսյանը, այնուհետև մանկավարժական գիտությունների թեկնածու Արթուր Արմենի Թադևոսյանը:
Կենտրոնի ներկայիս ղեկավարն է հոգեբանական գիտությունների դոկտոր, պրոֆեսոր Կամո Երեմի Վարդանյանը:
Կենտրոնի նպատակն է՝
- զարգացնել համալսարանի գիտահետազոտական գործունեությունը,
- ձևավորել մրցունակ գիտական և նորարական ներուժ,
- աստիճանաբար անցում կատարել հետազոտական համալսարանի կարգավիճակին:
Կենտրոնի խնդիրներն են՝
- նպաստել Համալսարանում գիտահետազոտական աշխատանքների արդյունավետության բարձրացմանը,
- նպաստել գիտահրատարակչական գործունեության արդյունավետության բարձրացմանը,
- նպաստել գիտական կադրերի պատրաստմանը և վերապատրաստմանը,
- աջակցել մտավոր գործունեության արդյունքների փոխանցմանը և առաջանցիկ կրթափորձի տարածմանը,
- նպաստել միջազգային չափանիշներին համապատասխան գիտության զարգացմանը: