Խաչատուր Աբովյանի անվան ՀՊՄՀ-ի գիտական ստորաբաժանումներից են գիտական ինստիտուտներն իրենց լաբորատորիաներով, որտեղ զարգացվում են գիտության կոնկրետ ուղղություններ և ճյուղեր: Ինստիտուտները ղեկավարում են գիտության տվյալ բնագավառի առաջատար և ճանաչված մասնագետներ:
Յուրաքանչյուր գիտական ստորաբաժանում ունի իր կանոնադրությունը, գործում է դրույթներին համապատասխան:
Համալսարանում առկա են ՀՀ ԿԳՄՍՆ Գիտության կոմիտեի կողմից ֆինանսավորվող բազային 3 գիտահետազոտական ինստիտուտներ, որոնք գործում են բուհի գիտահետազոտական կենտրոնի կազմում:
Գիտական խորհրդի տարեվերջյան նիստում գիտահետազոտական կենտրոնի տնօրենը հաշվետվություն է ներկայացնում ինստիտուտների լաբորատորիաներում ստացված գիտական արդյունքի մասին:
Համալսարանի առաքելությունից բխում է մանկավարժական, հոգեբանական, դասավանդման մեթոդիկաների և հայագիտական թեմաների գերակշռությունը, սակայն մեծ հաջողություններ են գրանցվում նաև գիտության այլ բնագավառներում:
Մեծագույն ձեռքբերում կարելի է համարել «Շախմատ» գիտահետազոտական ինստիտուտը, որտեղ ժամանակակից սարքավորումների միջոցով հետազոտվում է շախմատի ունեցած ազդեցությունը երեխայի հոգեկանի վրա:
ՀՊՄՀ-ն ձգտում է ունենալ նաև հետազոտական համալսարանի կարգավիճակ, ուստի շարունակում է բարձրացնել գիտահետազոտական աշխատանքների արդյունավետությունը՝ ստեղծելով նոր գիտական ինստիտուտներ, կենտրոններ և լաբորատորիաներ, իսկ գիտական արդյունքը ներառել շրջանառության մեջ:
Խ. Աբովյանի անվան ՀՊՄՀ-ում գործող ՀՀ ԿԳՄՍՆ Գիտության կոմիտեի կողմից ֆինանսավորվող գիտահետազոտական ինստիտուտներն են.
1. «Շախմատ» ենթակառուցվածքի պահպանում ու զարգացում ԳՀԻ, տնօրեն՝ Ս. Լպուտյան, ծրագրի գիտական ղեկավար՝ Վահան Սարգսյան
2. «Բնագիտական հետազոտությունների ինստիտուտի պահպանում ու զարգացում» ԳՀԻ, ղեկավար՝ Էդվարդ Կոկանյան
• «Քվանտային էլեկտրոնիկայի և ինտեգրալային օպտիկայի նոր նյութերի լաբորատորիա»,
• «Կենսաբանական ակտիվ միացությունների ուսումնասիրման և կենսաանվտանգության» գիտական լաբորատորիա,
• «Էկոլոգիական մոնիտորինգի և գնահատման» գիտական լաբորատորիա:
3. «Փոխակերպական հասարակության հիմնախնդիրները. մեթոդաբանական, պատմագիտական և լեզվաբանական տեսանկյուններ» ԳՀԻ, ղեկավար՝ Հասմիկ Հովհաննիսյան
• «Փոխակերպական հասարակության հիմնախնդիրները» լաբորատորիա
• «Լեզվաբանական հետազոտությունների գիտական լաբորատորիա»
