ՀՊՄՀ-ի Քարտուղարությունն ինքնուրույն կառուցվածքային ստորաբաժանում է, որն իրականացնում է Համալսարանի փաստաթղթաշրջանառությունը:
Քարտուղարությունն անմիջականորեն ենթակա և հաշվետու է ՀՊՄՀ ռեկտորին:
Քարտուղարությունն իր գործունեության ընթացքում ղեկավարվում է ՀՀ օրենսդրությամբ, Համալսարանի կանոնադրությամբ, Համալսարանի կառավարման մարմինների որոշումներով, Համալսարանի ռեկտորի հրամաններով, ստորաբաժանման կանոնադրությամբ: Քարտուղարությունը ստեղծվում, վերակազմակերպվում կամ լուծարվում է ՀՊՄՀ ռեկտորի հրամանով` Համալսարանի կանոնադրությամբ սահմանված կարգով:
Համալսարանում փաստաթղթերի և հանձնարարականների ժամանակին կատարման նկատմամբ վերահսկողությունը, փաստաթղթաշրջանառության արդյունավետ կազմակերպումը և միասնական կարգի կիրառումն իրականացնում է Քարտուղարությունը:
Համալսարանում ստացված դիմումները, բողոքները ընդունվում և գրանցվում են Քարտուղարությունում՝ համապատասխան մատյաններում, բացվում են ստացված բոլոր ծրարները, բացի «Անձամբ» մակագրությամբ ծրարներից. դրանք հանձնվում են հասցեատիրոջը:
Ստորաբաժանումն իրականացնում է հրամանների հերթական թվի պահպանման և դրանք ստորագրման ներկայացնելու գործընթացը: Յուրաքանչյուր օրվա ընթացքում ներկայացված փաստաթղթերը Քարտուղարության պետը ներկայացնում է Ռեկտորին, որոնց վրա Ռեկտորը կատարում է համապատասխան մակագրություն՝ նշելով հանձնարարականի բովանդակությունը և այն անձին, ով պատասխանատու է վերջինիս ընթքացքի համար: Համալսարանի Ռեկտորի կամ պրոռեկտորի կողմից գրությունների պատասխանները ստորագրելուց հետո, վերջիններս ներկայացվում են Քարտուղարություն: Այստեղ ստորագրված պատասխանի վրա դնում է հերթական ելից համարը և ուղարկում է հասցեատիրոջը (փոստով, էլեկտրոնային փոստով կամ առձեռն եղանակով): Քարտուղարությունում են պահվում պատասխանների պատճենները և հիմքերը /առկայության դեպքում/, համապատասխան հրամանների բնօրինակները նաև հիմքերը /առկայության դեպքում/: