Педагогический университет осуществляет подготовку научных кадров через аспирантуру, докторантуру и соискательство. Послевузовское образование осуществляется согласно утвержденному МОНКС РА и ВАК РА положению о порядке присуждения ученых степеней.
Послевузовское образование в АГПУ осуществляется с 1938 года по следующим направлениям: аспирантура, докторантура, соискательство, по соответствующим планам и программам.
Отдел послевузовского образования готовит научные кадры по линии филологических, физико-математических, исторических, географических, химических, биологических, технических, социально-культурных, психологических и педагогических наук. Готовит целевых аспирантов для Гюмрийского государственного пединститута, Ванадзорского и Арцахского государственных университетов.
В аспирантуре Педагогического университета учатся также иностранные граждане. Обучение в системе послевузовского образования осуществляется в очной и заочной формах, на платной и бесплатной основе. Длительность обучения в очной форме не превышает 3 лет, а в заочной – 4.
Выполняя научные исследования по выбранной специальности, аспиранты наравне с работниками вуза и организации пользуются научным оборудованием, лабораториями, компьютерной техникой, библиотеками, правом на командировки, общежитием.
С 2015 года функции «Отдела аспирантуры» перенесены в отдел координации научно-учебных работ Научно-исследовательского центра.
В ходе деятельности Отдела аспирантуры более 1000 аспирантов и соискателей защитили докторские и кандидатские диссертации.